Genomsequenzierung: Qualitätsstandards sollen Ergebnisse vereinheitlichen

Voraussetzung für personalisierte Medizin
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Symbolbild DNA-Strang
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Die personalisierte Medizin in der Krebstherapie erfordert ein molekulardiagnostisches Tumorprofil. Doch welche Qualitätsstandards sind dabei einzuhalten?

Großer Hoffnungsträger in der Krebsmedizin sind die molekularbiologischen Methoden, um genetische Besonderheiten von Tumoren zu entschlüsseln, die zum Teil als Angriffspunkte für zielgerichtete Therapien geeignet sind. Die personalisierte Medizin erhält damit eine ganz neue Bedeutung. Die Zukunftsvision ist, für jeden individuellen Tumor ein molekularbiologisches Profil zu erstellen, an dem man das Therapiekonzept ausrichten kann. Eine Forschergruppe aus dem Deutschen Netzwerk für Personalisierte Medizin hat nun bundesweit erfasst, nach welchen Qualitätsstandards die Genomanalysen in Deutschland durchgeführt werden. Die Daten sind Voraussetzung, um die sogenannte Gensequenzierung in die Routineversorgung zu integrieren. Federführend war die Arbeitsgruppe um Professor Albrecht Stenzinger, Leiter der Studie und Leiter des Molekularpathologischen Zentrums am Pathologischen Institut des Universitätsklinik Heidelberg (UKHD).

Unerlässlich ist ein qualitätsgesichertes Vorgehen

Es ist heute möglich, einzelne Gene, eine Auswahl von Genen oder auch das gesamte genetische Material eines Menschen „auszulesen“. Gensequenzierung, Panelsequenzierung, Exom- und Genomsequenzierung sind die Fachbegriffe. Dazu wird die Tumorprobe zunächst aufbereitet, mitsamt genetischer Information in ihre Bausteine zerlegt und diese analysiert. Den daraus resultierenden „Buchstabensalat“ ordnen und strukturieren Bioinformatikerinnen und Bioinformatiker mit Hilfe leistungsfähiger Computer. So entsteht ein lesbares Buch, das die genetischen Informationen des jeweiligen Patienten, genauer gesagt seines Tumors enthält. Unerlässlich ist dabei ein qualitätsgesichertes Vorgehen. Nur so lässt sich garantieren, dass die Sequenzierung ein und derselben Probe in zwei verschiedenen Instituten zu einem identischen Ergebnis und damit auch zur passenden Therapie führt. Mit welcher Methode das Erbgut sequenziert wird, und wie gut das Ergebnis der Analyse ist, wurde in Deutschland bislang aber noch nicht systematisch erfasst. Zumindest nicht, was die Sequenzierung eines besonders relevanten Anteils des Genoms, des sogenannten Exoms, betrifft. Als Exom bezeichnet man sämtliche Abschnitte der Erbinformation, die Baupläne (Codes) für Proteine enthalten. Das Gesamtgenom ist sehr viel umfangreicher.

Überblick über die Qualität der Tumorsequenzierung

Für ihre Bestandsaufnahme ließen die Forschenden daher sechs Tumorproben sowie vier bereits bekannte Referenzproben an insgesamt 21 über ganz Deutschland verteilte universitären Krebszentren untersuchen. „An den Universitätskliniken wird die große Mehrzahl aller Sequenzanalysen durchgeführt. Wir haben also auf diese Weise einen guten Überblick über die Qualität der Tumorsequenzierung in Deutschland erhalten“, sagt Stenzinger. Es zeigte sich bei den Testergebnissen zwar eine hohe, aber keine vollständige Übereinstimmung zwischen den Ergebnissen aus verschiedenen Instituten. Die Forschungsgruppe will daher im nächsten Schritt Standards erarbeiten, mit denen sich die Qualität der Exomsequenzierung optimieren lassen soll. Ein Ansatzpunkt ist das Filtern der zahlreichen genetischen Abweichungen, die sich in den individuellen Tumorproben finden. Sie müssen mit Hilfe großer Datenbanken auf ihre Relevanz hin überprüft werden. „Die meisten Abweichungen sind ohne weitere Bedeutung, manche treiben jedoch das Tumorwachstum voran oder verleihen den Krebszellen besondere Widerstandskraft und sind daher lohnende Therapieziele. Wenn wir die Filterkriterien stärker vereinheitlichen, können wir die Übereinstimmung der Testergebnisse auf nahezu 100 Prozent steigern“, so Dr. Michael Menzel, Erstautor des Artikels und Bioinformatiker am Pathologischen Institut des UKHD.

Modellprojekt „genomDE“

Vor Kurzem ist das vom Bundegesundheitsministerium angestoßene Modellprojekt „genomDE“ angelaufen, das die umfassende Sequenzierung probeweise in der Regelversorgung verankern soll. Gleichzeitig sollen auf diesem Weg Daten erhoben werden, die der zukünftigen Krebsforschung zugutekommen (wissensgenerierende Versorgung). Die Kosten der Gensequenzierungen werden von den Krankenkassen getragen. Nach fünf Jahren soll überprüft werden, ob der Nutzen den Aufwand rechtfertigt. Wenn ja, soll die Gensequenzierung langfristig in die Regelversorgung integriert werden. Jedoch nur im interdisziplinären Team mit breitgefächerter Expertise sei eine qualitätsgesicherte personalisierte Medizin möglich, wie Stenzinger betont. Die Heidelberger Arbeitsgruppe ist Teil des bundesweiten Netzwerks für Personalisierte Medizin (DNPM) mit einer Reihe zertifizierter Zentren, die Vorreiter sein sollen und erfolgreich interdisziplinär zusammenarbeiten.

Literatur:
Menzel M, Martis-Thiele M, Goldschmid H, et al.: Benchmarking whole exome sequencing in the German network for personalized medicine. Eur J Cancer. Published online September 8, 2024, DOI: 10.1016/j.ejca.2024.114306.

Quelle: idw/Uniklinik Heidelberg

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