Das Mikrobiom ist schon seit einiger Zeit ins Blickfeld der Forschung geraten. So lässt sich z.B. über eine Stuhlprobe das komplexe mikrobielle Ökosystem des Darms genau analysieren. Dazu gibt es prinzipiell zwei Verfahren: die klassische Anzucht auf Platten mit spezifischen Nährmedien oder die recht teure DNA-Analyse der Stuhlprobe. Beide Methoden für sich genommen seien jedoch unbefriedigend, wenn es darum gehe, schnell eine spezielle Bakterienart in der Probe nachzuweisen, so die Forscherinnen und Forscher. Um gezielt Lactobacillen, Bifidobakterien und Bacteroides in Stuhlproben aufzuspüren und zu kultivieren, entwickelten Forschende des Graduiertenkollegs (GRK) Translationale Evolutionsforschung (TransEvo) an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel (CAU) deshalb eine schnelle und robuste Screening-Methode.
Kostengünstiger und schneller?
„Unser Verfahren ist kostengünstiger und schneller als alternative Methoden, die normalerweise verwendet werden, um Bakterien in komplexen mikrobiologischen Proben zu identifizieren und zu isolieren“, erklärt Erstautorin Sofia Borges, Doktorandin am Institut für Mikrobiologie und Biotechnologie des Max-Rubner-Instituts in Kiel. „Die Methode eignet sich insbesondere zum Screening auf bestimmte Bakterienarten, für die es kein exklusives Nährmedium gibt“, ergänzt Professor Charles Franz, Leiter des Instituts und außerplanmäßiger Professor an der Agrar- und Ernährungswissenschaftlichen Fakultät der CAU. „Wir ersparen uns mit diesem Verfahren langwierige Prozeduren, um reine Bakterienarten aus potenziell nicht reinen Kulturen zu separieren und sie zu identifizieren.“
Bakterienkultur ist häufig nicht selektiv
Die Wahl des Nährmediums beim Anzüchten richtet sich danach, welche Bakterienart in der Probe gesucht wird. Selektive Wachstumsmedien fördern nur das Wachstum einer bestimmten Art, während andere in der Probe enthaltener Arten in ihrem Wachstum gehemmt werden. Wenn die gesuchte Art in der Probe enthalten ist, wächst diese zu einer Kolonie heran. Das ist allerdings der Idealfall. In der Praxis sind die Nährböden jedoch oft nicht ausschließlich für eine einzige Art selektiv, sondern lassen auch einige andere Bakterienarten wachsen.
Bifidobakterien, Laktobacillen und Bacteroides im Blick
„In dieser Arbeit haben wir uns auf Bifidobakterien, Laktobacillen und Bacteroides konzentriert“, sagt Borges. Bifidobakterien und Laktobacillen deshalb, weil sie für die Darmgesundheit relevant seien, aber normalerweise nicht in großer Zahl im Darm vorkämen. Daher gelingt es selbst mit teilweise selektiven Medien manchmal nicht, diese Bakterien zu kultivieren. Bacteroides wurden in der Studie als Beispiel für eine Gram-negative Art aufgenommen, die ebenfalls für die Darmgesundheit wichtig ist und von den Koautorinnen und Koautoren der Studie weiter untersucht wird.
Meiste Kolonien waren rein
Das Prinzip der Methode beruhe auf der Kultivierung mittels drei verschiedenen Selektivmedien, DNA-Extraktion, PCR-Analyse eines bestimmten Gens und Sequenzierung. Sechs Stuhlproben von gesunden Personen wurden zum Testen dieser Methode verwendet. Die Kultivierung erfolgte in einer anaeroben Kammer über 48 Stunden bei 37 °Celsius. Danach wurden gut voneinander getrennte Einzelkolonien für die Isolierung der Bakterien ausgewählt. Die einzelnen Kolonien wurden gemäß des Studienprotokolls untersucht. In allen 180 Kolonien konnten die enthaltenen Bakterienarten identifiziert werden. Die meisten Kolonien konnten einer einzigen Spezies zugeordnet werden, obwohl die verwendeten Selektivmedien nicht nur das Wachstum der Zielbakterien begünstigten, sondern auch einige andere Arten wachsen ließen. „Einige unserer Kolonien enthielten bis zu drei verschiedene Bakterienarten. Wir waren aber positiv überrascht, dass die meisten Kolonien rein waren, trotz minimaler Kultivierung und ohne Aufreinigung durch wiederholtes Ausstreichen von Kolonien“, erklärt Borges.
Arbeitsgruppenleiter Franz resümiert: „Unsere neue Methode ermöglicht es, Einblick in die Reinheit der vorhandenen Kolonien auf Agarplatten zu erhalten und die darin enthaltenen Bakterien genau zu identifizieren. Sie kann daher nützlich sein, um einen schnellen, kostengünstigen und robusten Überblick über die aus komplexen mikrobiologischen Proben gewonnenen Bakterien zu erhalten, bevor diese für weitere Studien ausgewählt werden.“
Quelle: idw/CAU
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